Het idee van fylogenie wordt gebruikt in de context van de biologie om te verwijzen naar de oorsprong en evolutie van de soort . Het concept kan ook verwijzen naar de tak van deze wetenschap die zich richt op de verwantschapsbanden die bestaan ​​tussen de verschillende sets van levende wezens.

Uit de evolutietheorie onder impuls van de Engelse wetenschapper Charles Darwin, werd het noodzakelijk om de evolutionaire geschiedenis van elke soort te kennen. De fylogenie ontstond met het doel om evolutionaire relaties te bestuderen en te analyseren hoe de karakters van de verschillende taxa worden verdeeld.

Deze gegevens maken de creatie van fylogenetische bomen mogelijk, die de evolutionaire relaties tussen die soorten beschrijven die een gemeenschappelijke voorouder gemeen hebben. Fylogenetische bomen laten op hun beurt toe om de fylogenetische classificatie te ontwikkelen die de evolutionaire nabijheid tussen soorten vaststelt.

Om de fylogenie van een organisme te kennen, moet men zijn DNA, zijn anatomie en zijn morfologie, naast vele andere kenmerken bestuderen. De resultaten van dit soort onderzoek laten ons toe om de overeenkomsten en verschillen tussen de soorten te kennen en zo hun evolutionaire relaties te vestigen.

Een clade is een groep die bestaat uit een voorouder en al zijn nakomelingen. Ook wel monofyletische groep genoemd, bestaat uit de gemeenschappelijke voorouder (een koninkrijk, een soort of een populatie) en alle organismen die ervan afstammen. Als deze groep wordt uitgesloten van een afstammeling, wordt dit een parafyletische groep genoemd . Ondertussen zijn groepen samengesteld uit soorten die afstammen van meer dan één voorouder bekend als polyfyletisch .